เทศบาลนครยะลา มีระบบบำบัดน้ำเสียจำนวน ๒ แห่ง และมีบ่อบำบัดน้ำเสีย จำนวน ๒ บ่อ มีปริมาณน้ำเสียภายในเขตเทศบาล ๑๗,๘๘๕ ลูกบาศก์เมตรต่อวัน พื้นที่ในเขตเทศบาลที่ได้รับการบำบัด คิดเป็นร้อยละ ๒๐.๕๒ มิลลิกรัม ทั้งนี้ได้มีการวัดและประเมินค่า BOD (Biochemical OxygenDemand) พบว่า บ่อที่ ๑ มีค่า BOD อยู่ที่ ๕๙ มิลลิกรัมต่อลิตร และบ่อที่ ๒ มีค่า BOD อยู่ที่ ๕๑ มิลลิกรัมต่อลิตร (ข้อมูล ณ เดือนธันวาคม ๒๕๖๒) มีแหล่งน้ำในเขตพื้นที่เทศบาลจำนวน ๒ แห่งได้แก่ สวนขวัญเมือง และแม่น้ำปัตตานี โดยมีการตรวจวัด คุณภาพน้ำในแหล่งน้ำสาธารณะจำนวน ๑ ครั้งต่อปี
